Aquel partido se fue al tiempo suplementario sin goles, donde el Inter metió el gol de la victoria por medio de Mario Corso en el minuto 110, dejando sin copa más importante a Independiente. Como campeón defensor, Independiente clasificó directamente a las semifinales de la ahora llamada Copa Libertadores de América en 1965. En esa instancia se cruzó con un clásico rival; Boca Juniors. El club apareció por primera vez en 1988 en la Segunda División de México como los «Venados de Yucatán», su debut fue contra los Azucareros en el estadio Jalisco con derrota para los ciervos con marcador de 2-0. En su primera temporada, la 1988-89, de la mano de Mario Pérez Guadarrama, el equipo logró disputar la gran final de ascenso ante el Potros Neza de Víctor Manuel Vucetich.