Para la temporada 2015-16 realiza una campaña aunque no tan brillante como la anterior quedando clasificados para la promoción de ascenso, vencería al navarro Club Deportivo Tudelano por 1-0 en casa y 0-1 fuera, al Club Deportivo Toledo por un 0-1 en el Estadio Salto del Caballo y un peleado 2-2 en casa. Cádiz Club de Fútbol por un 1-0 fuera y un 0-1 en casa. Es entonces cuando el 17 de mayo de 2014, el Hércules cae contra la AD Alcorcón en la jornada n.º 39 y con muy pocas oportunidades de conseguir la permanencia, alcanzando el descenso «virtual» del equipo a 2.ªB. En la jornada n.º41 consuma su descenso a 2.ª División B pese a ganar 0-1 al Mirandés, tras una segunda vuelta de campeonato nefasta, que deja al equipo en el último puesto de la tabla.
